微波快速穿透作用和直接使分子内部摩擦产热显示出良好的热效应作用.消毒废物采用防热扩散密封包装有助于包内热量积累充分发挥热效应.
微波的场效应，生物体处于微波场中时，细胞受到冲击和震荡，破坏细胞外层结构，使细胞通透性增加，破坏了细胞内外物质平衡.电镜下可见到细胞肿胀，进而出现细胞质崩解融合致细胞死l亡.
量l子效应，微波场中量l子效应波主要是激发水分子产生 H2O2和其他自由基，形成细胞毒作用.这种作用可使细胞内各种蛋白，酶，核酸等受到破坏.另外，光子可以增加分子动能，促进热反应.
微波以外的因素，在充分保证微波能量和作用时间的条件下，消毒废物的包装，合适的含水量，负载量以及废物的性质等都是改变微波消毒效果的重要因素.
微波消毒菌谱广，可杀灭各种微生物，早在 40年代即有人用于酒的消毒，在国外早有研究发现，微波照射 1min可杀灭玻璃安瓿中各种细菌繁殖体，包括真菌，医疗垃圾无害化处理设备，但对巨大杆l菌芽孢照射 2min，其杀灭率可达 99.90%.据 Kohrer研究证明，对污染有细菌，真菌，脊髓灰质炎病毒，疱l疹病毒Ⅰ型的假牙，牙托，牙钻，用 600W微波照射 5min，可将污染微生物全部杀灭.照射 8min可杀灭芽孢.照射 3min可将 HBsAg抗原性全部破坏.
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